В течение 11 месяцев 2009 года Северная железная дорога перечислила в региональные и местные бюджеты, а также во внебюджетные фонды около 8,3 млрд. рублей.

Для субъектов РФ Северная железная дорога является одним из крупных и стабильных налогоплательщиков. За 11 месяцев 2009 года 4 млрд. 717 млн. рублей налоговых выплат было перечислено в региональные и местные бюджеты субъектов Федерации, по территории которых пролегает СЖД, более 3 млрд. 497 млн. руб. – в качестве единого социального налога и около 70 млн. руб. составили выплаты в фонд социального страхования от несчастных случаев.
Основные получатели отчислений СЖД в бюджеты и социальные фонды – Архангельская, Ярославская, Вологодская области и Республика Коми.
Бюджет Ярославской области (включая выплаты в фонды) Северная магистраль пополнила на 2 млрд. 387 млн. рублей. Архангельская область получила от СЖД 2 млрд. 234 млн. рублей. В бюджет и фонды по Вологодской области было перечислено около 1 млрд. 520 млн. рублей, Республики Коми – около 1 млрд. 582 млн. рублей.
В местные бюджеты Костромской области перечислено более 360 млн. рублей, Ивановской области – 167 млн. рублей, Ямало-Ненецкого АО – более 14 млн. рублей. В местные бюджеты Кировской области – около 6 млн. рублей, Владимирской области – более 4,5 млн. рублей.