MS.ASP.NET

...а именно, если приложение написано на 1.0 и использует клиентские скрипты, например, для валидации форм, которые IIS хранит в /aspnet_client/system_web/1_0_билд то при установке приложения на другой сервер с установленной .Net Framework 1.1 валидация форм работать не будет, по той простой причине, что asp.net будет искать скрипты в /aspnet_client/system_web/1_1_билд т.к. версия другая (точнее можно видеть, если посмотреть исходный код сгенеренной ASPX-страницы на втором сервере). Выход может быть в копировании каталога /aspnet_client с первого сервера и переименования подкаталога, содержащего номер версии.

Еще замеченная проблема. При использовании имперсонации может возникнуть System.Data.OleDb.OleDbException: Unspecified error, вызванная тем, что в отличие от 1.0 новая версия Framework 1.1 использует другой каталог для временных файлов, на который может не быть прав у аккаунта ServerName\ASPNET при имперсонации...

Полное описание и решение проблемы здесь - http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;827190